Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen
Johann Heinrich von Thünen-Institut
Vergeben.
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Beträge und Kennzahlen
Beschreibung
Vertragsgegenstand ist eine lllumina-Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) inklusive Überprüfung der Proben und Erstellung der Sequenzier-Libraries sowie die bioinformatische Analyse inklusive der Rohdaten-Qualitätskontrolle, dem Filtern der Reads, dem zusammenführen des Referenzgenoms mit den Sequenzierungsergebnissen (read mapping) und der Detektion der Varianten (variant calling) von 350 Buchen-DNA-Proben (Fagus sylvatica). Die Ergebnis-Dateien müssen dem Auftraggeber in Form von externen Speichermedien zur Verfügung gestellt werden. Speziell hat die zu erbringende Leistung folgenden Umfang: 1. Überprüfung der Buchen-DNA-Proben auf ihre Qualität (Messung der Quantität, Integrität und Reinheit), 2. Erstellung der lllumina-Sequenzier-Libraries ("library preparation"), 3. lllumina-Komplettgenomsequenzierung mit paarweise ("paired-end") 150 bp Reads von 350 Buchenproben mit einer Sequenziertiefe von 35x entsprechend 19 Gb Rohdaten pro Probe. Die hierbei generierten Rohdaten müssen mehr als 80% der Basen mit einem Quality Score von > Q30 aufweisen. 4. Bioinformatische Analyse 4.1 Rohdaten-Qualitätskontrolle und Filtern der Reads, 4.2 Referenzgenom-Angleichung (Mapping), 4.3 Detekt…
Amtliche Veröffentlichungen
| Medium | Referenz | Datum |
|---|---|---|
| OEV | a6878bf4-08d1-4dd1-823b-136463e59b7e-1 | 30 Juli 2025 |
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