Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen
Auftraggeber: Johann Heinrich von Thünen-Institut
- Veröffentlicht
- 30 Juli 2025
- Verfahren
- Verhandlungsverfahren
- Lose
- 1
- Bekanntmachungsnummer
- a6878bf4-08d1-4dd1-823b-136463e59b7e-1
- Referenz
- 59b38508-2fa7-4396-afdd-b2fd8d61b236
- Offizielle Quelle
- Offizielle Quelle
CPV-Codes
- 50000000Servicios de reparación y mantenimiento
- 51000000Servicios de instalación (excepto software)
- 55000000Servicios comerciales al por menor de hostelería y restauración
- 66000000Servicios financieros y de seguros
- 70000000Servicios inmobiliarios
- 71000000Servicios de arquitectura, construcción, ingeniería e inspección
- 75000000Servicios de administración pública, defensa y servicios de seguridad social
- 77000000Servicios agrícolas, forestales, hortícolas, acuícolas y apícolas
Beschreibung
Vertragsgegenstand ist eine lllumina-Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) inklusive Überprüfung der Proben und Erstellung der Sequenzier-Libraries sowie die bioinformatische Analyse inklusive der Rohdaten-Qualitätskontrolle, dem Filtern der Reads, dem zusammenführen des Referenzgenoms mit den Sequenzierungsergebnissen (read mapping) und der Detektion der Varianten (variant calling) von 350 Buchen-DNA-Proben (Fagus sylvatica). Die Ergebnis-Dateien müssen dem Auftraggeber in Form von externen Speichermedien zur Verfügung gestellt werden. Speziell hat die zu erbringende Leistung folgenden Umfang: 1. Überprüfung der Buchen-DNA-Proben auf ihre Qualität (Messung der Quantität, Integrität und Reinheit), 2. Erstellung der lllumina-Sequenzier-Libraries ("library preparation"), 3. lllumina-Komplettgenomsequenzierung mit paarweise ("paired-end") 150 bp Reads von 350 Buchenproben mit einer Sequenziertiefe von 35x entsprechend 19 Gb Rohdaten pro Probe. Die hierbei generierten Rohdaten müssen mehr als 80% der Basen mit einem Quality Score von > Q30 aufweisen. 4. Bioinformatische Analyse 4.1 Rohdaten-Qualitätskontrolle und Filtern der Reads, 4.2 Referenzgenom-Angleichung (Mapping), 4.3 Detekt…
Amtliche Veröffentlichungen
- OEV · a6878bf4-08d1-4dd1-823b-136463e59b7e-1 · 30 Juli 2025
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Häufig gestellte Fragen
- Wer ist der Auftraggeber dieser Ausschreibung?
- Die Vergabestelle ist Johann Heinrich von Thünen-Institut (Deutschland).
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